Kontiglər iskelelərə necə yığılır?
Kontiglər iskelelərə necə yığılır?

Video: Kontiglər iskelelərə necə yığılır?

Video: Kontiglər iskelelərə necə yığılır?
Video: Evdə qutu tikmək. Blok yığma. Mən ev tikirəm! 2024, Noyabr
Anonim

Qaralama genomu yaratarkən, DNT-nin fərdi oxunuşları birincidir kontiglərə yığılmışdır , onların təbiətinə görə montaj , onların arasında boşluqlar var. Növbəti addımdır üçün sonra bunlar arasındakı boşluqları kəsin qədər davam edir yaratmaq iskele . Bu, ya optik xəritəçəkmə və ya cüt cüt ardıcıllığından istifadə etməklə edilə bilər.

Eynilə, siz soruşa bilərsiniz, contigs və scaffolds nədir?

A iskele son ardıcıllı tam genomlu ov tüfəngi klonlarından yenidən qurulmuş genom ardıcıllığının bir hissəsidir. İskeleler -dən ibarətdir contigs və boşluqlar. A contig əsasların sırasının yüksək etibarlılıq səviyyəsində bilindiyi genomik ardıcıllığın bitişik uzunluğudur. Bəzi hallarda, iskeleler üst-üstə düşə bilər.

Həmçinin, bioinformatikada kontigs nədir? A contig (bitişikdən) birlikdə DNT-nin konsensus bölgəsini təmsil edən üst-üstə düşən DNT seqmentləri toplusudur. Contigs Beləliklə, həm üst-üstə düşən DNT ardıcıllığına, həm də kontekstdən asılı olaraq klonlarda olan üst-üstə düşən fiziki seqmentlərə (fraqmentlərə) istinad edə bilər.

Bu baxımdan kontiglər necə yığılır?

DNT fraqmentlərinin üst-üstə düşən DNT ardıcıllığının dəsti a kimi tanınır contig . Contig Xəritəçəkmə üst-üstə düşən klonların olduğu bir prosesdir yığılmışdır üst-üstə düşmə ardıcıllığı üçün. Bu, təşkili daxildir contigs qaydada və oriyentasiyada. Klon contigs avtomatik ola bilər yığılmışdır onların BAC-end ardıcıllığından istifadə etməklə.

Contigs niyə vacibdir?

Contig məclis bir vacibdir genom birləşməsində addım. Xəritəçəkmə üçün üst-üstə düşən klonlar üst-üstə düşən ardıcıllıqla yığılır. Hər bir fraqment vektorda klonlanır və təxminən 600-700 bp ardıcıllıq uzunluğu yaratmaq üçün hər iki ucdan ardıcıllaşdırılır. DNT fraqmentinin hər iki ucundan gələn ardıcıllığa cüt uc deyilir.

Tövsiyə: